まず、小桿菌、ブドウ糖発酵菌、ブドウ糖非発酵菌の3つに分類する。
　小桿菌には、Haemophilus属、Bordetella属、Francisella属、Pasteurella属、Bartonella属、Brucella属が含まれるが、最も頻度が高い菌種は、Haemophilus influenzaeである。Francisella以下の菌は、日常的には遭遇する機会の極めて少ない特殊な菌である。
　次に、ブドウ糖発酵菌は、腸内細菌科とそれ以外に分類される。腸内細菌科の主要な菌（または属）は、Escherichia coli、Klebsiella属、Salmonella属、Shigella属、Yersinia属であり、腸内細菌科と呼ばれるごとく、消化器との親和性が高い菌種が多い。それ以外の科としては、Vibrio科Vibrio属、Aeromonas科Aeromonas属がある。Vibrio choleraeなど、腸内細菌科以外のブドウ糖発酵菌も、消化器系の疾患を引き起こすことが多い。なお、Vibrio属は、海の中で生息しやすい好塩性の菌種があり、好塩性の菌種では魚介類と関連して起こることが多い。
　ブドウ糖非発酵菌の代表的な菌種は、Pseudomonas aeruginosaとAcinetobacter属である。環境菌で、生体内での発育はそれほど得意としないが、免疫が低下した宿主や、免疫が及びにくい生体部位（例えば、異物が挿入されている部位や傷害部位など）では、ゲリラ的に生息でき、感染症を引き起こすことがある。このような発病の仕方を、日和見感染（日和見感染症とも）という。健常者には感染しにくい一方で、一旦感染すると抗菌薬が効きにくいという特徴も持っている。その理由として、環境菌は、真菌（いわゆるカビ）と発育環境を競い合うために、真菌が産生する抗菌化合物に抵抗する力を進化の過程で獲得したためと考えられる。

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主なグラム陰性桿菌

大分類		属	種	別称	主な特徴
小桿菌		Haemophilus ﾍﾓﾌｨﾙｽ	influenzae ｲﾝﾌﾙｴﾝｾﾞ	インフルエンザ菌	ヘミン（X因子）、NAD（V因子）要求性。
			parainfluenzae ﾊﾟﾗｲﾝﾌﾙｴﾝｾﾞ	パラインフルエンザ菌	NAD（V因子）要求性。
			ducreyi ﾃﾞｭｸﾚｲ	軟性下疳菌	ヘミン（X因子）要求性。細菌学的分類が見直されている。
		Pasteurella ﾊﾟｽﾂﾚﾗ	multocida ﾏﾙﾄｼﾀﾞ
		Bordetella ﾎﾞﾙﾃﾞﾃﾗ	pertussis ﾊﾟｰﾀｯｼｽ	百日咳菌	百日咳。Bordet-Gengou（BG）培地。
			parapertussis ﾊﾟﾗﾊﾟｰﾀｯｼｽ	パラ百日咳菌
			bronchiseptica ﾌﾞﾛﾝｷｾﾌﾟﾃｨｶ		気管支炎。
		Brucella ﾌﾞﾙｾﾗ	melitensis ﾒﾘﾃﾝｼｽ		ブルセラ症。
		Francisella ﾌﾗﾝｼｾﾗ	tularensis ﾂﾗﾚﾝｼｽ	野兎病菌	野兎病。
		Bartonella ﾊﾞﾙﾄﾈﾗ	henselae ﾍﾝｾﾚ		猫ひっかき病。人獣共通感染症。猫引っかきのほか、ネコノミによる媒介も。
			quintana ｸｲﾝﾀﾅ		塹壕熱　ヒトがリザーバー　シラミによる媒介。
			bacilliformis ﾊﾞﾁﾘﾌｫﾙﾐｽ		オロヤ熱（重篤）、ペルーいぼ（予後良好）。両者を合わせてカリオン病。
ブドウ糖発酵菌	腸内細菌科	Escherichia ｴｼｪﾘｷｱ	coli ｺﾘ	大腸菌	腸内細菌科の代表。
		Klebsiella ｸﾚﾌﾞｼｴﾗ	pneumoniae ﾆｭｰﾓﾆｴ	肺炎桿菌	大葉性肺炎のグラム陰性桿菌の代表。アルコール依存者に。
			oxytoca ｵｷｼﾄｶ		胆道感染症など。
		Salmonella ｻﾙﾓﾈﾗ	Typhi* ﾃｨﾌｨ	チフス菌	腸チフス。
			ParatyphiA* ﾊﾟﾗﾃｨﾌｨ ｴｰ	パラチフス菌	パラチフス。
			Enteritidis* ｴﾝﾃﾘﾃｨﾃﾞｨｽ		腸炎。
		Shigella ｼｹﾞﾗ	dysenteriae ﾃﾞｨｽｴﾝﾃﾘｴ	赤痢菌（A）	赤痢。致死的大流行。
			flexneri ﾌﾚｸｽﾈﾘ	赤痢菌（B）	赤痢。途上国を中心に世界各地。
			boydii ﾎﾞｲﾃﾞｨ	赤痢菌（C）	赤痢。インド亜大陸のみに流行。
			sonnei ｿﾝﾈｲ	赤痢菌（D）	赤痢。先進国に見られる。
		Yersinia ｴﾙｼﾆｱ	pestis ﾍﾟｽﾃｨｽ	ペスト菌	ペスト。
			enterocolitica ｴﾝﾃﾛｺﾘﾁｶ	腸炎エルシニア
			pseudotuberculosis ｼｭｰﾄﾞﾂﾍﾞﾙｸﾛｰｼｽ	偽結核菌
		Serratia ｾﾗﾁｱ	marcescens ﾏﾙｾｯｾﾝｽ	霊菌	腸内細菌科。日和見病原体。
		Proteus ﾌﾟﾛﾃｳｽ	mirabilis ﾐﾗﾋﾞﾘｽ		遊走菌。
	Vibrio 科	Vibrio ﾋﾞﾌﾞﾘｵ	cholerae	コレラ菌	O1,O139のうちコレラ毒素を持つもの。
			cholerae ｺﾚﾚ	NAGビブリオ	コレラ菌以外。
			parahaemolyticus ﾊﾟﾗﾍﾓﾘﾃｨｸｽ	腸炎ビブリオ	腸炎
			fluvialis ﾌﾗﾋﾞｱﾘｽ		ビブリオ・フルビアリス感染症。
			furnissii ﾌｧｰﾆｼ		ビブリオ・ファーニシ感染症。
			vulnificus ﾊﾞﾙﾆﾌｨｶｽ		劇症型感染症。
	Aeromonas 科	Aeromonas ｴﾛﾓﾅｽ	hydrophila ﾊｲﾄﾞﾛﾌｨﾗ		劇症型感染症。
ブドウ糖非発酵菌		Pseudomonas ｼｭｰﾄﾞﾓﾅｽ	aeruginosa ｴﾙｷﾞﾉｰｻﾞ	緑膿菌	日和見感染症。
		Burkholderia ﾊﾞｰｸﾎﾙﾃﾞﾘｱ	cepacia ｾﾊﾟｼｱ	セパシア菌	緑膿菌に似る。
			mallei ﾏﾚｲ	鼻疽菌	鼻疽。人獣共通感染症。病原性高い。
			pseudomallei ｼｭｰﾄﾞﾏﾚｲ	類鼻疽菌	緑膿菌に似る。類鼻疽。人獣共通感染症。病原性高い。
		Acinetobacter ｱｼﾈﾄﾊﾞｸﾀｰ	baumannii ﾊﾞｳﾏﾆ		臨床検体では双球菌状でモラクセラやナイセリア属に似る。
		Stenotrophomonas ｽﾃﾉﾄﾛﾌｫﾓﾅｽ	maltophilia ﾏﾙﾄﾌｨﾘｱ

*Typhi、ParatyphiA、は正確には種ではなく、血清型。 正式名称は、チフス菌の正式名称は、Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi。他も同様。 大腸菌は、腸管病原性大腸菌（Enteropathogenic E. coli, EPEC）（広義）と尿路原性大腸菌（Uropathogenic E. coli, UPEC）に分けることがある。また、EPECは、腸管出血性大腸菌（Enterohemorrhagic E. coli, EHEC）、腸管病原性大腸菌（Enteropathogenic E. coli, EPEC）（狭義）、腸管毒素原性大腸菌（Enterotoxigenic E. coli, ETEC））などに分類される。なお、EHECはベロ毒素を産生するため、（Vero toxin-producing E. coli, VTEC）とも呼ばれる。

2020年3月26日開設　2020年8月14日更新