複数の菌の総称で、共通した特徴があることから一括りにされることが多い。共通点としては、細胞内寄生菌であること（マイコプラズマは例外）、β-ラクタム系薬が無効であること、グラム染色では観察できないこと、が挙げられる。代表的な菌種は、Mycoplasma pneumoniae、Legionella pneumophila、Chlamydophila pneumoniae、Chlamydophila psittaci、Chlamydia trachomatis、Rickettsia japonica、Orientia tsutsugamushi、Coxiella burnetiiなどである。L. pneumophilaは、通性細胞内寄生菌（人工培地でも培養可能）、他の細胞内寄生菌は偏性細胞内寄生菌（人工培地での培養ができない）である。また、最初の4菌種は市中肺炎の主要な病原体である。
| 大分類 | 属 | 種 | 別称 | 主な特徴 |
|---|---|---|---|---|
| Mycoplasma ﾏｲｺﾌﾟﾗｽﾞﾏ | pneumoniae ﾏ ﾆｭｰﾓﾆｴ | 肺炎マイコプラズマ | 細胞壁をもたない。PPLO培地。 | |
| Legionella ﾚｼﾞｵﾈﾗ | pneumophila ﾆｭｰﾓﾌｨﾗ | 構造上グラム陰性桿菌。グラム染色難染性。BCYE培地。通性細胞内寄生。尿中抗原。 | ||
| クラミジア | Chlamydophila ｸﾗﾐﾄﾞﾌｨﾗ | pneumoniae ﾆｭｰﾓﾆｴ | 肺炎クラミドフィラ | 肺炎 |
| psittaci ｼｯﾀｼ | オウム病クラミドフィラ | オーム病 | ||
| Chlamydia ｸﾗﾐｼﾞｱ | trachomatis ﾄﾗｺﾏﾃｨｽ | トラコーマ | ||
| リケッチアおよび関連菌種 | Rickettsia ﾘｹｯﾁｱ | japonica ｼﾞｬﾎﾟﾆｶ | 日本紅斑熱 | |
| rickettsii ﾘｹｯﾁ | ロッキー山紅斑熱 | |||
| prowazekii ﾌﾟﾛﾜｾﾞｷ | 発疹チフス | |||
| Orientia ｵﾘｴﾝﾁｱ | tsutsugamushi ﾂﾂｶﾞﾑｼ | ツツガムシ病 | ||
| Coxiella ｺｸｼｴﾗ | burnetii ﾊﾞｰﾈｯﾃｨ | 系統的にはレジオネラに近いが、菌の性質はリケッチアに似る。 | ||
| Ehrlichia ｴｰﾘｷｱ | chaffeensis ｼｬﾌｪｴﾝｼｽ | |||
| Anaplasma ｱﾅﾌﾟﾗｽﾞﾏ | phagocytophilum ﾌｧｺﾞｻｲﾄﾌｨﾘｳﾑ | |||
| Neorickettsia ﾈｵﾘｹｯﾃｨｱ | sennetsu ｾﾝﾈﾂ |
2020年3月26日開設 2020年8月14日更新