細菌とは異なり、核膜を有する真核生物で、細菌よりは哺乳類の細胞に近い。用いる治療薬も抗菌薬とは全く異なる。
グラム染色では、陽性菌に相当するが、糸状菌はグラム染色で染まりにくく、特殊な染色法が必要である。形態によって、酵母（酵母様真菌とも）と糸状菌に分類される。
酵母の代表はCandida属真菌で、カンジダ症の原因菌であり、Candida albicansが約半数を占める。
糸状菌の代表は、Aspergillus属真菌で、アスペルギルス症（主に肺アスペルギルス症）の原因菌であり、Aspergillus fumigatusが主な原因菌である。アスペルギルス症の鑑別疾患として、ムーコル症（接合菌症とも）が重要である。
また、頻度は、カンジダ症とアスペルギルス症の1/10程度であるが、健常者にも感染する真菌症として、クリプトコックス症が代表的であり、Cryptococcus属の酵母様真菌が原因である。主な菌種は、Cryptococcus neoformansとCryptococcus gattiiで、ほぼこの2種に限られると考えてよい。C. neoformansが全体の90%以上を占めるが、C. gattiiは病原性の高い株が報告されるようになったことから注目を集めている。莢膜を有し、墨汁法という方法で観察することが多い。
特殊な真菌症として、ニューモシスチス肺炎（PCP）があり、原因真菌はPneumocystis jiroveciiである。
| 構造 | 細菌 | 真菌 | ヒト |
|---|---|---|---|
| 核膜 | ― | ＋ | ＋ |
| 細胞内小器官 | ― | ＋ | ＋ |
| 細胞膜 | リン脂質 | リン脂質 エルゴステロール | リン脂質 コレステロール |
| 細胞壁 | ペプチドグリカン | グルカン キチン マンナン | ― |
| 無性世代＼有性世代 | 子嚢菌類 | 担子菌類 | 接合菌類 |
|---|---|---|---|
| 酵母様真菌 | Candida albicans | Cryptococcus neoformans Trichosporon asahii | |
| 糸状菌 | Aspergillus fumigatus | Rhizopus oryzae | |
| 特徴 | β-1,3 -Dグルカンが多い。 | β-1,3 -Dグルカンが少ない。 グルクロノキシロマンナンを有する。 | β-1,3 -Dグルカンが少ない。 |
| 臨床的分類 | 属 | 種 | 別称 | 主な特徴 | |
|---|---|---|---|---|---|
| 酵母 | 子嚢菌 | Candida ｶﾝｼﾞﾀﾞ | albicans ｱﾙﾋﾞｶﾝｽ | 真菌症で最多。カンジダ症で最多。 | |
| glabrata ｸﾞﾗﾌﾞﾗｰﾀ | アゾール耐性 | ||||
| krusei ｸﾙｰｾﾞｲ | フルコナゾール耐性 | ||||
| parapsilosis ﾊﾟﾗﾌﾟｼﾛｰｼｽ | |||||
| tropicalis ﾄﾛﾋﾟｶｰﾘｽ | |||||
| 担子菌 | Cryptococcus ｸﾘﾌﾟﾄｺｯｸｽ | neoformans ﾈｵﾌｫﾙﾏﾝｽ | 真菌症で3番目。クリプトコックス症で最多。 | ||
| gattii ｶﾞｯﾃｨ | 高病原性のクリプトコックス症 | ||||
| Trichosporon ﾄﾘｺｽﾎﾟﾛﾝ | asahii ｱｻﾋ | 夏型過敏性肺臓炎。侵襲性感染症。 | |||
| 子嚢菌 | Malasettia ﾏﾗｾﾁｱ | furfur ﾌﾙﾌﾙ | 癜風 | ||
| 糸状菌 | 子嚢菌 | Aspergillus ｱｽﾍﾟﾙｷﾞﾙｽ | fumigatus ﾌﾐｶﾞﾂｽ | 真菌症で2番目。アスペルギルス症で最多。 | |
| fluvus ﾌﾗﾊﾞｽ | |||||
| niger ﾆｶﾞｰ | |||||
| terreus ﾃﾚｳｽ | |||||
| 接合菌 （ムーコル） | Mucor ﾑｰｺﾙ | ramosissimus ﾗﾓｼｯｼﾑｽ | ムーコル症 | ||
| Rhizomucor ﾘｿﾞﾑｰｺﾙ | pusillus ﾌﾟｼﾙｽ | ムーコル症 | |||
| Rhizopus ﾘｿﾞﾌﾟｽ | oryzae ｵﾘｾﾞ | ムーコル症 | |||
| Lichtheimia(Absidia) ﾘｸﾃﾐｱ | corymbifera ｺﾘﾝﾋﾞﾌｪﾗ | ムーコル症 | |||
| Cunninghamella ｶﾆﾝｸﾞﾊﾒﾗ | bertholletiae ﾍﾞﾙﾄﾚﾃｨｴ | ムーコル症 | |||
| 子嚢菌 | Trichophyton ﾄﾘｺﾌｨﾄﾝ | rubrum ﾙﾌﾞﾙﾑ | 白癬菌（紅色菌） | 白癬 | |
| tonsulans ﾄﾝｽﾞﾗﾝｽ | 白癬 | ||||
| mentagrophytes ﾒﾝﾀｸﾞﾛﾌｧｲﾃｨｽ | |||||
| verrucosum ﾍﾞﾙｺｯｽﾑ | |||||
| violaceum ﾋﾞｵﾗｾｳﾑ | |||||
| 培養不能 | Pneumocystis ﾆｭｰﾓｼｽﾁｽ | jirovecii ｲﾛﾍﾞﾁｰ | ニューモシスチス肺炎（PCP） | ||
| 二形性真菌 | Coccidioides ｺｸｼｼﾞｵｲﾃﾞｽ | immitis ｲﾐﾃｨｽ | 輸入真菌症（地域流行型真菌症） | ||
| posadasii ﾎﾟｻﾀﾞｼ | 輸入真菌症（地域流行型真菌症） | ||||
| Histoplasma ﾋｽﾄﾌﾟﾗｽﾏ | capsulatum ｶﾌﾟｽﾗｰﾂﾑ | 輸入真菌症（地域流行型真菌症） | |||
| Paracoccidioides ﾊﾟﾗｺｸｼｼﾞｵｲﾃﾞｽ | brasiliensis ﾌﾞﾗｼﾞﾘｴﾝｼｽ | 輸入真菌症（地域流行型真菌症） | |||
| Blastomyces ﾌﾞﾗｽﾄﾐｾｽ | dermatitidis ﾃﾞﾙﾏﾃｨﾃｨﾃﾞｨｽ | 輸入真菌症（地域流行型真菌症） | |||
| Penicillium（Talaromyces） ﾍﾟﾆｼﾘｳﾑ(ﾀﾗﾛﾏｲｾｽ) | marneffei ﾏﾙﾈｯﾌｪｲ | 輸入真菌症（地域流行型真菌症） | |||
2020年3月26日開設 2020年8月13日更新