アセンブリ
アセンブリ（assembly）とは、「組み立て」という意味で、シークエンス解析においては、リード（read）をつないで、コンティグ（contig）という一つながりの長い塩基配列を組み立てることをいう。
シークエンスをパズルで喩えると、ゴールはパズルのピースを全部埋めることである。de novo assemblyとmappingという2つの方法がある。de novo assemblyとは、ゴールの図がない状態から、パズルのピースを埋めて完成させることを指し、mappingとは、ゴールの図がなんとなくわかった状態から、パズルのピースを埋めて完成させることを指す。
パズルのピースがreadであり、パズルのピースを埋める作業がassembly（名詞）またはassemble（動詞）である。また、「なんとなくわかった状態」の図を参照配列と呼ぶ。
一つ一つのread長が長いシークエンスをlong read sequence（LRS）、短いシークエンスをshort read sequence（SRS）と呼ぶ。パズルで喩えると、LRSはパズルのピースが大きい場合、SRSはパズルのピースが小さい場合と言える。LRSの方がピースが大きいので完成させやすい。しかし、一つ一つのピースの完成度はSRSの方がよい。
LRSは、一つ一つのリードが長いのでのりしろが多くつながりやすいが、読み間違いが多い（=精度が低い）。一方、SRSは、読み間違いが少ない（=精度が高い）が、断片化しすぎてつながりにくい。