BLAST

　Basic Local Alignment Search Tool（BLAST）は、配列間の局所的な類似性のある領域を見つけるツールである。ヌクレオチドやタンパク質の配列を配列データベース（または参照配列）と比較し、一致した部分の統計的有意性を計算する。
　ここでは、ヌクレオチドを比較するNucleotid BLAST（BLASTN）を例に使用方法を示す。

　BLASTのホーム画面　https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi　を開き、一番左にあるBLASTN（図1）をクリックする。

図1　BLASTのホーム画面

　調べたい配列（query sequence）をテキスト形式、またはfasta形式などで入力するか、ファイルをアップロードする。以下のようなfasta形式であれば、複数のシークエンスをいっぺんに調べることができる。

fasta形式の例
>seq1
AAATGCAGATTTCAGTAGCTATATCTATATGCAGATCGAAAC ・・・・・
>seq2
ATGCAGATCGAAAAATGCAGATTTCAGACTAGCTATATCTAT ・・・・・
>seq3
ATAGATATAGCTATTTCGATCTGCATGTCTGAAATCTGCATT ・・・・・
>seq4
ATATAGCTAGTCTGAACATTTTTCGATCTGATAGATATAGCT ・・・・・
　実際に利用したい方のために、デモファイルをこちらに掲載しておく。
　デモファイルのうち、query_demo.txtはQuery Sequence用、subject_demo.txtはSubject Sequence用である。コピペまたはファイルのアップロードの双方が可能である。

　Align two or more sequencesを空欄にすると、BLASTのデータベースから対応する配列（Subject Sequence）を探し出す。Align two or more sequencesにチェックを入れると、Enter Subject Sequenceの枠が開き、自身で参照配列を入力することができる。

図2　BLASTNの画面

　パラメーターを変更することができるが、今回は、4つのquery sequenceに対して、参照配列を入力せず、また、パラメーターもデフォルトのままでBLASTを実施した結果を示す。
　Jobタイトルは入力していなかったので、デフォルトの名称が表示される。Result forでqueryを選択することができる。

図3　結果の表示1　 Result forのところで、4つのquery sequenceを選択することができる

　下にスクロールすると、詳細な結果が表示される。デフォルトでは、Descriptionsタブが開いた状態で、一致した配列の名称や統計学的な値が表示される。

図4　結果の表示2　 デフォルトではDescriptionsタブが開く

　Alignmentsタブを開くと、queryとsubjectの配列を比較した詳細な情報が表示される。

図5　結果の表示3　 Alignmentsタブを開いたところ
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