samtools

 samtoolsは、sam(Sequence Alignment/Map)ファイルとbam(Binary Alignment/Map)ファイルの変換など、samとbamを操作するためのプログラムである。samもbamも、FASTQファイルをリファレンスゲノムにマッピングした際に生成されるファイルであるが、前者はテキスト形式で、後者はバイナリ形式である。

samからbamへの変換

% samtools view -@ 8 -Sb file.sam > file.bam

bamからsamへの変換

% samtools view -@ 8 -h file.bam > file.sam

並べ替え

デフォルトはマップされた位置で並べ替える。

% samtools sort -@ 8 file.bam > file_sorted.bam

変換と並べ替えを同時に行う場合

|(パイプ)でコマンドをつなぐと、出力ファイルを次の入力ファイルとして扱って、タンデムにコマンドを実行する。この場合、samからbamへの変換と並べ替えを同時に行っているため、途中のbamファイルを作成していない。

% samtools view -@ 8 -bS file.sam |samtools sort > file_sorted.bam

インデックス化

samまたはbamファイルのインデックス化を行う。

% samtools index file_sorted.bam

関連項目 bwa polish

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