すてーじ
スタッフ
大阪市立大学大学院医学研究科細菌学 特任講師
坪内 泰志  (つぼうち たいし)

プロフィール

職位 大阪市立大学大学院医学研究科細菌学 特任講師
資格 潜水士、小型船舶一級操船免許
学位 博士(農学)@東京大学
所属学会 日本農芸化学会、マリンバイオテクノロジー学会、日本放線菌学会
日本微生物生態学会、日本ゲノム微生物学会、米国微生物学会
委員等 マリンバイオテクノロジー学会若手会コア委員(2014〜)
“Frontiers in Marine Evolutionary Biology, Biogeography and Species Diversity”Editorial board member(2014〜)

学歴

1995年4月 日本大学農獣医学部応用生物科学科 入学
1999年3月 日本大学農獣医学部応用生物科学科 卒業
1999年4月 東京大学大学院農学生命科学研究科博士課程 入学
2005年3月 東京大学大学院農学生命科学研究科博士課程 修了
2005年3月 博士(農学)(東京大学 博農第2833号)

職歴

2005年4月 東京大学大学院 生物生産工学研究センター 機関研究員
2006年3月 独立行政法人理化学研究所 ゲノム総合科学研究センター
リサーチアソシエート
2007年7月 株式会社ワールドインテック 研究員
(独立行政法人海洋研究開発機構に出向)
2008年4月 独立行政法人海洋研究開発機構 研究員
2013年4月 国立研究開発法人海洋研究開発機構
海洋生命理工学研究開発センター 技術副主任
2017年7月 大阪市立大学大学院医学研究科 特任講師(現職)

研究費

【科学研究費補助金】
1. 基盤研究(B)「地下深部生命圏の遺伝子資源保全へ向けた環境ゲノム調整法と多様性解析」
  (課題番号20310124)、研究分担者(2008-2010年度)
2. 挑戦的萌芽研究「methanogenesis関連酵素の産業利用微生物への応用」
  (課題番号24651251)、研究分担者(2012-2012年度)
3. 基盤研究(C)「リグニン有効利用の鍵となるβ-O-4結合切断酵素の機能解析と応用研究」
  (課題番号25450120)、研究分担者(2013-2015年度)
4. 基盤研究(C)「抗菌物質ハンティング〜多剤耐性菌を打ち破る新奇抗菌物質の獲得〜」
  (課題番号26450112)、研究代表者(2014-2016年度)
5. 基盤研究(C)「続・抗菌物質ハンティング〜蔓延する多剤耐性菌を駆逐する新規抗菌物質の開発〜」
  (課題番号17K07743)、研究代表者(2017-2019年度)
【厚生労働科学研究費補助金】
1. 新興・再興感染症に対する革新的医薬品等開発推進研究事業 「薬剤耐性菌対策に資する診断法・治療法等の開発研究」
  研究分担者(2017-2019年度)
【その他の助成金】
1. 文部科学省戦略的創造研究推進事業先端的低炭素化技術開発(特別重点技術領域)「海洋微生物酵素群によるリグニン分解高度化と人工漆材料への展開」
  研究分担者(2015-2019年度)

研究内容

【研究テーマ】
「海洋(深海)性微生物の培養株化とその有効活用」
我々研究者は環境微生物の殆ど(99.3%)を分離培養できずにいる。これら未培養微生物株は種々の生理活性物質(抗菌、抗ウイルス、抗腫瘍活性など)の潜在的生産性が推測されており、臨床分野においてその応用利用化が期待されている。我々は海底地下生命圏における微生物の動態変化および生息可能条件に着目し、従来の機能的スクリーニングではなく,微生物群集構造の多様度に着目した情報学および統計数理学スクリーニングによる環境微生物単離培養条件の推定手法の開発に関する研究分野を開拓している。
1. 新奇海洋性微生物の効率的な分離、およびその利活用
2. 海洋性放線菌が生産する新奇抗多剤耐性菌物質の構造解析、および特性解析
3. 海洋性微生物が生産する新奇抗ウイルス物質の構造解析、および特性解析
4. 超多剤耐性菌の薬剤耐性メカニズムの解明

研究業績

【原著論文】
  1. Koyama S, Nishi S, Nagano Y, Tame A, Uematsu K, Nogi Y, Hatada Y, Tsubouchi T. “Electrical reyrieval of living Streptomycete spores using a potential-controlled ITO electrode” Electrochemistry 85, 1-13, 2017.
  2. Koyama S, Nishi S, Tokuda M, Uemura M, Ishikawa Y, Seya T, Chow S, Ise Y, Hatada Y, Fujiwara Y, Tsubouchi T. “Electrical retrieval of living microorganisms from cryopreserved marine sponges using a potential-controlled electrode” Mar Biotechnol (NY). 17, 678-692, 2015.
  3. Tsubouchi T, Nishi S, Maruyama T, Hatada Y. “Draft Genome Sequence of Aneurinibacillus tyrosinisolvens LL-002T, Which Possesses Some Pseudouridine Synthases” Genome Announc. 3, e00529-15, 2015.
  4. Tsubouchi T, Mori K, Miyamoto N, Fujiwara Y, Kawato M, Shimane Y, Usui K, Tokuda M, Uemura M, Tame A, Uematsu K, Maruyama T, Hatada Y. “Aneurinibacillus tyrosinisolvens sp. nov., a novel tyrosine-dissolving bacterium isolated from organics- and methane-rich seafloor sediment” Int J Syst Evol Microbiol. 65, 1999-2005. 2015.
  5. Shimane Y, Minegishi H, Echigo A, Kamekura M, Itoh T, Ohkuma M, Tsubouchi T, Usui K, Maruyama T, Usami R, Hatada Y. “Halarchaeum grantii sp. nov., a moderately acidophilic haloarchaeon isolated from a commercial salt sample made in Okinawa, Japan” Int J Syst Evol Microbiol. 65, 3830-3835. 2015.
  6. Koyama S, Tsubouchi T, Usui K, Uematsu K, Tame A, Nogi Y, Ohta Y, Hatada Y, Kato C, Miwa T, Toyofuku T, Nagahama T, Konishi M, Nagano Y, Abe F. “Involvement of flocculin in negative potential-applied ITO electrode adhesion of yeast cells” FEMS Yeast Res. 15, fov064, 2015.
  7. Ohta Y, Nishi S, Kobayashi K, Tsubouchi T, Iida K, Tanizaki A, Kurosawa K, Adachi A, Nishihara M, Sato R, Hasegawa R, Hatada Y. “Draft Genome Sequence of Novosphingobium sp. Strain MBES04, Isolated from Sunken Wood from Suruga Bay, Japan” Genome Announc. 3, e01373-14, 2015.
  8. Tsubouchi T, Koyama S, Mori K, Shimane Y, Usui K, Tokuda M, Tame A, Uematsu K, Maruyama T, Hatada Y. “Brevundimonas denitrificans sp. nov., a denitrifying bacterium isolated from deep subseafloor sediment” Int J Syst Evol Microbiol. 64, 3709-3716. 2014.
  9. Kawai M, Futagami T, Toyoda A, Takaki Y, Nishi S, Hori S, Arai W, Tsubouchi T, Morono Y, Uchiyama I, Ito T, Fujiyama A, Inagaki F, Takami H. “High frequency of phylogenetically diverse reductive dehalogenase-homologous genes in deep subseafloor sedimentary metagenomes” Front Microbiol. 5, fmicb.2014.00080, 2014.
  10. Koyano H, Tsubouchi T, Kishino H and Akutsu T. “Archaeal β diversity patterns under the seafloor along geochemical gradients” J Geophys Res Biogeosci. 119(9). doi: 10.1002/2014JG002676. 2014.
  11. Tsubouchi T, Ohta Y, Haga T, Usui K, Shimane Y, Mori K, Tanizaki A, Adachi A, Kobayashi K, Yukawa K, Takagi E, Tame A, Uematsu K, Maruyama T, Hatada Y. “Thalassospira alkalitolerans sp. nov. and Thalassospira mesophila sp. nov., isolated from a decaying bamboo sunken in the marine environment, and emended description of the genus Thalassospira” Int J Syst Evol Microbiol. 64, 107-115, 2014.
  12. Nishi S, Tsubouchi T, Takaki Y, Koyanagi R, Satoh N, Maruyama T, Hatada Y. “Draft Genome Sequence of Loktanella cinnabarina LL-001T, Isolated from Deep-Sea Floor Sediment” Genome Announc. 1, e00927-13, 2013.
  13. Tsubouchi T, Nishi S, Usui K, Shimane Y, Takaki Y, Maruyama T, Hatada Y. Draft Genome Sequence of the Dimorphic Prosthecate Bacterium “Brevundimonas abyssalis TAR-001T” Genome Announc. 1, e00826-13, 2013.
  14. Nunoura T, Nishizawa M, Kikuchi T, Tsubouchi T, Hirai M, Koide O, Miyazaki J, Hirayama H, Koba K, Takai K. “Molecular biological and isotopic biogeochemical prognoses of the nitrification-driven dynamic microbial nitrogen cycle in hadopelagic sediments” Environ Microbiol. 15, 3087-3107, 2013.
  15. Koyama S, Konishi MA, Ohta Y, Miwa T, Hatada Y, Toyofuku T, Maruyama T, Nogi Y, Kato C, Tsubouchi T. “Attachment and detachment of living microorganisms using a potential-controlled electrode” Mar Biotechnol (NY). 15, 461-475, 2013.
  16. Tsubouchi T, Shimane Y, Usui K, Shimamura S, Mori K, Hiraki T, Tame A, Uematsu K, Maruyama T, Hatada Y. “Brevundimonas abyssalis sp. nov., a dimorphic prosthecate bacterium isolated from deep-subsea floor sediment” Int J Syst Evol Microbiol. 63, 1987-1994. 2013.
  17. Tsubouchi T, Shimane Y, Mori K, Usui K, Hiraki T, Tame A, Uematsu K, Maruyama T, Hatada Y. “Polycladomyces abyssicola gen. nov., sp. nov., a thermophilic filamentous bacterium isolated from hemipelagic sediment” Int J Syst Evol Microbiol. 63, 1972-1981, 2013.
  18. Tsubouchi T, Shimane Y, Mori K, Miyazaki M, Tame A, Uematsu K, Maruyama T, Hatada Y. “Loktanella cinnabarina sp. nov., isolated from a deep subseafloor sediment, and emended description of the genus Loktanella” Int J Syst Evol Microbiol. 63, 1390-1395, 2013.
  19. Kobayashi H, Hatada Y, Tsubouchi T, Nagahama T, Takami H. The “Hadal Amphipod Hirondellea gigas possessing a unique cellulase for digesting wooden debris buried in the deepest seafloor” PLoS One. 7, e42727, 2012.
  20. Ohta Y, Nishi S, Haga T, Tsubouchi T. Hasegawa R, Konishi M, Nagano Y, Tsuruwaka Y, Shimane Y, Mori K, Usui K, Suda E, Tsutsui K, Nishimoto A, Fujiwara Y, Maruyama T, Hatada Y. “Screening and Phylogenetic Analysis of Deep-sea Bacteria Capable of Metabolizing Lignin-derived Aromatic Compounds” Open journal of Marine Science 2, 177-187. 2012.
  21. Fujiwara K, Tsubouchi T, Kuzuyama T, Nishiyama M. “Involvement of the arginine repressor in lysine biosynthesis of Thermus thermophilus” Microbiology. 152, 3585-3594. 2006.
  22. Tsubouchi T, Mineki R, Taka H, Kaga N, Murayama K, Nishiyama C, Yamane H, Kuzuyama T, Nishiyama M. “Leader peptide-mediated transcriptional attenuation of lysine biosynthetic gene cluster in Thermus thermophilus” J Biol. Chem. 280, 18511-18516. 2005.
【解説等】
  1. 滋野修一、小倉淳、坪内泰志、森司 「深海の熱水極限環境に適応した動物たち〜高熱, 酸化ストレス, そして炎症の生体限界を探る」、生物の科学 遺伝、No.3, 189-193. 2016.
【特許】
  1. 大田ゆかり、秦田勇二、坪内泰志 「きのこ栽培用培地の評価方法およびきのこ栽培方法」
    特願2014-159088、2014年
  2. 小山純弘、坪内泰志 「土壌微生物の調製方法およびその利用」
    特願2012-055306、2012年
  3. 小山純弘、丸山正、加藤千明、能木裕一、秦田勇二、大田ゆかり、小西正朗、坪内泰志 「生きた微生物の固定化方法および調製方法」
    特願2011-010693、2011年
【取材対応】
  1. 小山純弘、坪内泰志 「微生物を生きたまま効率回収する手法開発…微弱電位を利用」
    日刊工業新聞(2014年4月16日)
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