本代謝内分泌病態内科学の大学院への進学は通常前期研修を終えた研修３〜４年目に行い(毎年約２〜3名)、基礎への大学院進学と合わせて各学年最大で合計５〜６名となります。４年間、各グループ内での研究に従事し、研究テーマは自身が興味を持ち研究グループのこれまでの研究の流れの中で合議して決定しています。その間の４年間、大学に在籍し、自身の研究テーマにつき深く研究することが可能となります。研究テーマの多くは臨床疾患の病因解明やその治療法に関することであり、研究テーマにつき基礎面からと臨床面からの合同プロジェクトとなっています。なお、大学院の在学期間でも、関連病院での臨床研修により生活に支障のない程度の収入は得ることができ、基礎系への進学者も当該教室の仕事に支障のない範囲で、関連病院での臨床研修で生活面をサポートしています。基礎の大学院を卒業した人については、指導教室と相談の上で代謝内分泌病態内科学に復帰することになり、臨床医学を再開できます。大学院修了者でさらに希望があれば海外留学を考慮することもできます（２〜４名程度が常に海外留学中）。当科ではアメリカをはじめとする海外留学で研究を研鑽することを積極的に勧めており、助教以上の大半のスタッフと後期研究医の一部は海外留学経験者です。さらに臨床研鑽のための国内留学を選択する医局員もあり、医局として国内留学先を紹介し援助しています。