細菌*（Bacteria）は、以下のように段階的に分類され、最上位が門、最下位が株である**。
*古細菌（Archea）と区別するため、Bacteriaは真正細菌と呼ぶべきであるが、古細菌による感染症は極めて例外的であるため、特に断りがない場合に、細菌は真正細菌を指すものとする。
**Sub-（亜-）という分類もある。例えば、門の下にあるSubphylum（亜門）などがある。また、型（type）または変異型（variant）として、遺伝子型（genotype）や血清型（serovariant）という表現や、sensu lato（広義の）、sensu strict（狭義の）という表現もある。
注 2022年に門が大きく改訂された。
新旧対応表
| 旧 | 新 |
|---|---|
| Actinobacteria | Actinomycetota |
| Bacteroidetes | Bacteroidota |
| Chlamydiae | Chlamydiota |
| Firmicutes | Bacillota |
| Fusobacteria | Fusobacteriota |
| Proteobacteria | Pseudomonadota |
| Spirochaetes | Spirochaetota |
| Tenericutes | Mycoplasmatota |
| Phylum（門） フィラム（モン） | Class（綱） クラス（コウ） | Order（目） オーダー（モク） | Family（科） ファミリー（カ） | Genus（属） ジーヌス（ゾク） |
|---|---|---|---|---|
| Bacillota | Bacilli | Caryophanales | Bacillaceae | Bacillus |
| Listeriaceae | Listeria | |||
| Staphylococcaceae | Staphylococcus | |||
| Lactobacillales | Enterococcaceae | Enterococcus | ||
| Lactobacillaceae | Lactobacillus | |||
| Streptococcaceae | Streptococcus | |||
| Clostridia | Eubacteriales | Clostridiaceae | Clostridium | |
| Eubacteriaceae | Eubacterium | |||
| Oscillospiraceae | Ruminococcus | |||
| Peptococcaceae | Peptococcus | |||
| Peptostreptococcaceae | Clostridioides | |||
| Peptostreptococcus | ||||
| Erysipelotrichia | Erysipelotrichales | Erysipelotrichaceae | Erysipelothrix | |
| Negativicutes | Veillonellales | Veillonellaceae | Veillonella | |
| Mycoplasmatota | Mollicutes | Mycoplasmatales | Mycoplasmataceae | Mycoplasma |
| Ureaplasma | ||||
| Actinomycetota | Actinobacteria | Actinomycetales | Actinomycetaceae | Actinomyces |
| Bifidobacteriales | Bifidobacteriaceae | Bifidobacterium | ||
| Micrococcales | Micrococcaceae | Micrococcus | ||
| Mycobacteriales | Corynebacteriaceae | Corynebacterium | ||
| Mycobacteriaceae | Mycobacterium | |||
| Nocardiaceae | Nocardia | |||
| Propionibacteriales | Propionibacteriaceae | Propionibacterium | ||
| Chlamydiota | Chlamydiia | Chlamydiales | Chlamydiaceae | Chlamydia |
| Spirochaetota | Spirochaetia | Brachyspirales | Brachyspiraceae | Brachyspira |
| Leptospirales | Leptospiraceae | Leptospira | ||
| Spirochaetales | Borreliaceae | Borrelia | ||
| Treponemataceae | Treponema | |||
| Pseudomonadota | Alphaproteobacteria | Hyphomicrobiales | Bartonellaceae | Bartonella |
| Brucellaceae | Brucella | |||
| Rickettsiales | Ehrlichiaceae | Anaplasma | ||
| Ehrlichia | ||||
| Neorickettsia | ||||
| Rickettsiaceae | Orientia | |||
| Rickettsia | ||||
| Sphingomonadales | Sphingomonadaceae | Sphingomonas | ||
| Betaproteobacteria | Burkholderiales | Alcaligenaceae | Achromobacter | |
| Alcaligenes | ||||
| Bordetella | ||||
| Burkholderiaceae | Burkholderia | |||
| Comamonadaceae | Comamonas | |||
| Neisseriales | Neisseriaceae | Neisseria | ||
| Nitrosomonadales | Spirillaceae | Spirillum | ||
| Gammaproteobacteria | Aeromonadales | Aeromonadaceae | Aeromonas | |
| Enterobacterales | Enterobacteriaceae | Citrobacter | ||
| Enterobacter | ||||
| Escherichia | ||||
| Klebsiella | ||||
| Salmonella | ||||
| Shigella | Plesiomonas | |||
| Hafniaceae | Edwardsiella | |||
| Hafnia | ||||
| Morganellaceae | Morganella | |||
| Proteus | ||||
| Providencia | ||||
| Yersiniaceae | Serratia | |||
| Yersinia | ||||
| Legionellales | Coxiellaceae | Coxiella | ||
| Legionellaceae | Legionella | |||
| Lysobacterales | Lysobacteraceae | Stenotrophomonas | ||
| Pasteurellales | Pasteurellaceae | Haemophilus | ||
| Pasteurella | ||||
| Pseudomonadales | Moraxellaceae | Acinetobacter | ||
| Moraxella | ||||
| Pseudomonadaceae | Pseudomonas | |||
| Thiotrichales | Francisellaceae | Francisella | ||
| Vibrionales | Vibrionaceae | Vibrio | ||
| Epsilonproteobacteria | Campylobacterales | Arcobacteraceae | Arcobacter | |
| Campylobacteraceae | Campylobacter | |||
| Helicobacteraceae | Helicobacter | |||
| Bacteroidota | Bacteroidia | Bacteroidales | Bacteroidaceae | Bacteroides |
| Porphyromonadaceae | Porphyromonas | |||
| Prevotellaceae | Prevotella | |||
| Flavobacteriia | Flavobacteriales | Flavobacteriaceae | Capnocytophaga | Weeksellaceae | Chryseobacterium |
| Fusobacteriota | Fusobacteriia | Fusobacteriales | Fusobacteriaceae | Fusobacterium |
| Leptotrichiaceae | Leptotrichia | |||
| Streptobacillus |